故事以TV版為基礎，戰斗所剩下的騎士只有六人：城戶真司(龍騎)、秋山蓮(夜騎)、北岡秀一(鋼兵),淺倉威(王蛇),霧島美穗(FEMME)和神秘的龍牙RYUGA。霧島美穗成為 騎士的目的是要殺死淺倉為姊姊報仇，并令姊姊復活。而北岡正是幫淺倉脫去殺人罪的律師，他因內疚而多次幫助美穗，可惜美穗并不接受，令他意興闌珊的退出 騎士之間的戰斗。為了報仇的美穗不理真司的阻止，仍多次與淺倉戰斗，卻反而令自己陷入危機，當淺倉向美穗下毒手時，龍牙突然出現解救美穗，并以強大的力量將王蛇壓倒 ，令美穗成功殺死淺倉。由於美穗以為是真司救了她，便相約他出來吃東西希望報答他，而真司和美穗的感情亦得以發展，可惜這個美好時刻卻被邪惡的 龍牙破壞。鏡世界中的真司(RYUGA)假冒真正的真司襲擊美穗，美穗於是與龍牙戰斗但不敵，雖然美穗被真司所救，但最後因傷重而死…。
另一方面取回小時候的記憶的優衣，知道神崎士郎發動戰斗的目的是為了自己(詳情請看TV版劇情簡介的部份)，於是她決定以自殺來阻止神崎士郎的瘋狂行為 。另外真司亦知道自己是小時候間接害死優衣的人，令他感到非常內疚。此時鏡世界中的真司出現，并欺騙真司說和他合體可拯救優衣，合體後的齜牙以最強Rider的身份向 放夜騎作出挑戰。
得悉優衣已死的神崎士郎受不了打擊，在痛哭嚎叫下消失了，鏡世界中的成千上萬蜻蜓怪因而失控，飛到現實世界襲擊人類。戰斗中的夜騎與龍牙終於發現優衣的屍體 ，在這個沖擊下真司竟從龍牙的身體中分裂出來，并和龍牙作宿命決戰。
最後真司和蓮變身成SURVIVE形態，騎著契約獸飛向成千上萬的蜻蜓怪，與它們作最後決戰，走向未知的未來…。
百度網友評論：假面騎士龍騎 劇場版 EPISODE FINAL故事情節緊湊且跌宕起伏，深刻地反映了人性的復雜情感，恰到好處地烘托了假面騎士龍騎 劇場版 EPISODE FINAL的氛圍和節奏，使得整部作品更加生動有力，本人覺得這總體感覺還是值得一看的一部佳作！
豆瓣網友評論：假面騎士龍騎 劇場版 EPISODE FINAL的實力派演員的演技碰撞，為《假面騎士龍騎 劇場版 EPISODE FINAL》增添了無窮的魅力和看點，讓觀眾在觀影過程中始終保持著緊張與期待，個人認為這是一部具有深刻主題、精湛演技和高水準制作的佳作！
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